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Distância genética entre linhagens avançadas de germoplasma de algodão com uso de marcadores de RAPD e microssatélites Genetic distance among advanced lineages of cotton germplasm using RAPD and microsatellite markers

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Author(s): Ivandilson Pessoa Pinto de Menezes | Lúcia Vieira Hoffmann | Milena Ferreira Alves | Camilo de Lelis Morello | Paulo Augusto Vianna Barroso

Journal: Pesquisa Agropecuária Brasileira
ISSN 0100-204X

Volume: 43;
Issue: 10;
Start page: 1339;
Date: 2008;
Original page

Keywords: Gossypium hirsutum | diversidade genética | marcadores RAPD | marcadores SSR | Gossypium hirsutum | genetic diversity | RAPD markers | SSR markers

ABSTRACT
O objetivo deste trabalho foi selecionar coeficientes de similaridade para serem aplicados a conjuntos de genótipos de algodoeiro com baixa diversidade genética. Analisou-se um conjunto de 65 linhagens e 4 cultivares de algodão, com marcadores de RAPD e SSR, e estimou-se a similaridade genética de acordo com sete coeficientes de similaridade: Coincidência Simples, Rogers & Tanimoto, Ochiai, Hamman, Jaccard, Dice e Russel & Rao. A adequação dos coeficientes ao conjunto de genótipos foi verificada por correlação entre as matrizes de distância, índice de consenso entre os dendrogramas e otimização de Tocher. As análises mostraram que o coeficiente de Russel e Rao foi divergente em relação aos demais e seu uso não é recomendável. Entre os parâmetros usados para avaliar a qualidade de informação de cada coeficiente, apenas o índice de consenso estabeleceu diferenças e os classificou em dois grupos: aquele em que a ausência simultânea é considerada e aquele em que ela é desconsiderada. Considerando-se a presença de apenas dois alelos microssatélites por loco e os maiores índices de consenso, os coeficientes de Coincidência Simples, Hamman e Rogers & Tanimoto devem ser preferidos, quando em conjuntos de genótipos de algodoeiro melhorados e com baixa diversidade.The objective of this work was to select similarity coefficients to be used among sets of cotton genotypes with low genetic diversity. Sixty-five lineages and four cotton cultivars were analyzed by RAPD and SSR markers; and the genetic similarity was estimated by seven similarity coefficients: Simple Matching, Rogers & Tanimoto, Ochiai, Hamman, Jaccard, Dice and Russel & Rao. The adequacy of the use of each coefficient to the collected data was verified by correlation between the distance matrices, the consensus index between the dendrograms and the Tocher's optimization method. The coefficient of Russel & Rao was the most divergent, and its use is not recommended. Among the parameters used to estimate the quality of information provided by each coefficient, differences were observed only by the consensus index, which established two groups: one in which simultaneous absence of bands are taken into account, and other in which it is excluded. Considering the presence of only two microsatellite alleles per polymorphic locus and the higher consensus index coefficients, the Simple Matching, Hamman and Rogers & Tanimoto coefficients should be preferred when analyzing cotton elite genotypes with low genetic similarity.
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