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El algoritmo HyRPNI y una aplicación en bioinformática

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Author(s): Gloria Inés Alvarez V. | Jorge Hernán Victoria M. | Enrique Bravo M. | Pedro García G.

Journal: Revista de Ingeniería
ISSN 0121-4993

Issue: 33;
Start page: 44;
Date: 2011;
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Keywords: Aprendizaje automático | bioinformática | lenguajes formales./ Bioinformatics | formal languages | machine learning.

ABSTRACT
Proponemos un algoritmo de inferencia gramatical para lenguajes regulares que permite ahorrar cómputo al usar dos criterios diferentes para elegir los estados a ser procesados, un criterio se usa en la primera fase del proceso de inferencia (al principio) y el otro en el resto del proceso. Realizamos experimentos para observar el desempeño del algoritmo, para aprender sobre el tamaño ideal de su primera fase y para mostrar su aplicación en la solución de un problema específico en bioinformática: la predicción de sitios de corte en poliproteínas codificadas por virus de la familia Potyviridae./ We propose a grammar inference algorithm for regular languages which saves computational cost by using two different criteria to choose states to be processed: one in the first phase of the inference process (the beginning) and another for the rest of the process. We applied experiments to observe performance of the algorithm, to learn about the best size of its first phase and to show results of its application to solve a specific problem in Bioinformatics: the cleavage site prediction problem in polyproteins encoded by viruses of the Potyviridae family.
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